Основан при железной дороге в кон. ХIХ в.
До начала XVIII века земли были ещё не заселены. В XVIII веке воронежский воевода сдавал в аренду монастырям откупные угодья для рыбной ловли и пушного промысла. Так земли, входящие сейчас в состав Шуберского сельского поселения, были арендованы одним из монастырей с целью заготовки грибов, ягод, лекарственных трав, а также рыбной ловли и сбора меда диких пчел. В конце 18 века здесь возникает поселение, названное Апостоловкой. Первыми жителями Апостоловки стали крестьяне, работавшие на монастырских землях, всего около сорока человек. В XIX веке село было передано во владение полковнику И.В. Волошину. В его честь и поселение стали называть Волошино.
После революции 1917 года в поселке Волошино проживали 12 зажиточных семей.
В 1868 году введена в эксплуатацию железнодорожная линия Воронеж - Козлов (ныне Мичуринск). На расстоянии около двух километров от поселка Волошине был построен разъезд Шуберский, названный в честь путейного инженера Шуберского, возглавившего работу на перегоне Сомово - Синицыно. В 1900 году был выстроен дом для железнодорожных рабочих, который ныне является памятником архитектуры.
Вблизи железнодорожного полотна в годы войны хоронили убитых в результате бомбежек, раненых, умерших по пути следования поездов. О тех страшных днях в истории страны напоминает нам братская могила, у которой в День Победы проводятся митинги, торжественные собрания и возложение гирлянд Памяти.
После Великой Отечественной войны возле площадки Шуберское начали давать участки под застройку, в основном людям, работающим па железной дороге. Так вырос небольшой поселок Шуберское, который был отнесен к Боровскому сельсовету. И Волошино, и Шуберское интенсивно росли и постепенно соединялись. К середине 60- х годов здесь проживали около 2,5 тысяч человек. В 1955 году здесь была построена школа. Возникла необходимость в местном самоуправлении. В связи с тем, что в районном бюджете не было денежных средств на строительство здания сельсовета, оно разместилось в здании почты. И лишь в 1975 году здание сельсовета было построено. В этом же здании разместилась и библиотека.
С одобрения большинства жителей в 1976 году произошло объединение двух населенных пунктов Волошино и Шуберское, которое было утверждено решением облисполкома № 838 от 15.12.1976 года «О переименовании Волошинского сельского Совета в Шуберский сельский Совет с центром в поселке Шуберское».
Сегодня на территории поселения постоянно проживает около 2 500 человек. Так как населенные пункты являются пригородной зоной, часть людей зарегистрирована в близлежащих поселках или городе Воронеже.
В силу того, что поселение находится вблизи областного центра и в непосредственной близости от железной дороги, все трудоспособное население работает на предприятиях и в организациях города Воронежа и ОАО «Юго-Восточная железная дорога». Сельское хозяйство не развито. Со всех сторон поселок окружают леса. Границы территории поселения установлены Законом Воронежской области от 23 декабря 2004 года № 90-03. В состав Шуберского сельского поселения входят 4 населенных пунктах: поселок Шуберское, поселок Маклок, поселок Стахановский, поселок Виневитиново. Природа сельского поселения уникальна. Постановлением Администрации Воронежской области от 22 марта 2007 года № 216 в соответствии с Федеральным Законом от 14.03.1995 года № 33-ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях» в целях развития сети особо охраняемых природных территорий и сохранения объектов, имеющих научную, эстетическую и историческую ценность, ряду объектов присвоен статус памятников природы: дубовая аллея, лиственная аллея, дубы «Святогор», болото «Самара», озеро «Черепашье», озеро «Маклокское», родник «Маклокский», болото «Клюквенное-2».
В 2011 г. здесь проживало 2181 человек.